เทศบาลมืองพะเยา แบ่งออกเป็น 7 ส่วนราชการ 1 สถานธนานุบาล
และ 1 สถานีขนส่งผู้โดยสารพะเยา คือ
1 ) สำนักปลัดเทศบาล
2 ) กองคลัง
3 ) กองการศึกษา
4 ) กองสาธารณสุขและสิ่งแวดล้อม
5 ) กองช่าง
6 ) กองวิชาการและแผนงาน
7 ) กองสวัสดิการสังคม
8 ) สถานธนานุบาลเทศบาลเมืองพะเยา